依据更名南京大学之前的中央大学沿革史，古代校史始自公元258年孙休诏立五经博士所创国立学校，历晋代与宋、齐、梁、陈四朝南京太学，南朝宋时设文、史、儒、玄、阴阳五科为史上首所分科高等学府、教育与研究合一大学，至明朝南京国子监时期为世界最高学府，历代曾设校于秦淮河畔夫子庙一带、钦天山下四牌楼一带等处;金陵非京师时期由中央太学改作郡学、路学或府学等南京地方学府，1650年明国子监改为清江宁府学。中央大学改为南京大学之后校方以筹建三江师范学堂的1902年作为建校年份而不再追溯古代校史的部分;之前校方曾先后以成立南京高师的1916年以及国立东大改组首都国立大学的1927年为建校纪念年份并同时追溯前身古代南京官立高等学府历史。
1906年，三江师范学堂易名两江优级师范学堂。创设中国高等学校中第一个图画手工科，并设音乐副科，为中国培养了第一代近代化的美术师资和艺术人才。
1914年，筹建南京高等师范学校(简称南高或南高师)。
1915年设立的体育科，为中国高等体育教育的开端。
1917年设立的商科。
1921年迁至上海扩充为商科大学，是中国第一所商学院。
1918年10月，中国科学社设在南高师，主要成员多在南高、东大任教，他们多是将各自领域西方现代科学系统引入中国的先驱，因而南京高师被称为“中国现代科学大本营”、“中国现代科学的发祥地” 。许多领域的研究在中国现代史上都具有开创性的意义，所培育的毕业生也为中国科学的许多领域做出了开创性的工作，在中国现代科学的早期，半数以上的在国际顶尖科学杂志发表研究成果的中国科学家是南京大学的教职或毕业生。
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